Xpujil se localiza en el sur este del estado, cerca de la frontera con el Estado de Quintana Roo al este y Peten (Guatemala) hacia el sur. Escárcega, Campeche, se encuentra a 153 km al oeste y Chetumal, Quintana Roo, 120 km al este, es un punto intermedio muy útil en la Carretera Federal 186.
En las cercanias de Xpujil, se encuentran las zonas arqueológicas Mayas de Xpuhil (1 km), Becan (8 km), Chicanná, Balamcan, Hormiguero y mas al suroeste esta la importante ciudad Maya de Calakmul, dentro de los 7,230 km² de la Reserva de la biósfera de Calakmul.